
Arrêt maladie en alternance : salaire, indemnités, CFA et examens en 2026
Apprenti en arrêt maladie : 3 jours de carence, IJ à 50 %, maintien de salaire, accident du travail, cours au CFA et examens. Règles et démarches 2026.
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Fait partie du guide Droits de l'alternant : congés, maladie, contrat, rupture
Rédaction SuperAlternantMis à jour le 9 min de lecture

Un conflit en alternance se règle d'abord par un échange direct avec votre maître d'apprentissage, puis par une réunion avec votre CFA. Si le désaccord porte sur l'exécution du contrat d'apprentissage, vous pouvez saisir gratuitement le médiateur de l'apprentissage. Après les 45 premiers jours en entreprise, une rupture n'est possible que dans des cas fixés par la loi.
Le silence est souvent le pire choix. Une incompréhension non traitée peut devenir un conflit ouvert, puis une rupture subie. Les étapes ci-dessous vont du plus simple au plus formel.
Le plus souvent, d'un décalage d'attentes entre trois acteurs : vous, votre employeur et votre centre de formation. Trois situations reviennent régulièrement.
Ce que votre tuteur vous doit concrètement est détaillé dans notre article ce que votre maître d'apprentissage vous doit.
Commencez par un entretien dédié, demandé à froid, et non par un reproche en pleine réunion.
Si la relation avec le tuteur est bloquée mais que l'entreprise vous convient, demandez au service RH ou à la direction si un changement de maître d'apprentissage est envisageable. Le rôle et les conditions pour être maître d'apprentissage sont présentés dans notre article dédié.
Le CFA a des obligations légales envers vous. Parmi ses missions figurent celle d'« assurer la cohérence entre la formation dispensée en leur sein et celle dispensée au sein de l'entreprise, en particulier en organisant la coopération entre les formateurs et les maîtres d'apprentissage », et celle d'accompagner les apprentis face aux difficultés susceptibles de mettre en péril le contrat (art. L6231-2).
Concrètement, demandez à votre référent pédagogique d'organiser une réunion tripartite (en présentiel ou en visio) avec votre maître d'apprentissage. Objectif : se mettre d'accord par écrit sur les missions à venir et sur le calendrier des rendus. Une règle utile : ne cachez rien à l'un pour ménager l'autre. Si l'entreprise ignore une échéance du CFA, ou si le CFA ignore que vous ne pratiquez pas votre métier, personne ne peut corriger le tir.
Si votre CFA ne répond plus ou ne vous suit pas, écrivez à la direction de l'établissement en rappelant ses missions légales. Les contrôles dont les CFA font l'objet sont expliqués dans notre article sur les contrôles DREETS des CFA.

Le médiateur de l'apprentissage aide l'employeur et l'apprenti à trouver une solution amiable à un litige sur l'exécution ou la rupture du contrat (art. L6222-39). D'après la fiche Service-public.gouv.fr :
| Activité de l'employeur | Médiateur à saisir |
|---|---|
| Commerce, industrie | Chambre de commerce et d'industrie (CCI) |
| Artisanat | Chambre de métiers et de l'artisanat (CMA) |
| Agriculture | Chambre d'agriculture |
| Secteur public non industriel et commercial | Service chargé de la médiation (médiateur ministériel ou service RH de proximité) |
Le parcours complet, de la médiation jusqu'aux prud'hommes, est décrit dans notre article sur le litige avec son employeur en alternance.
Certaines situations ne relèvent plus d'un simple désaccord. Sortez de la logique de patience et alertez quand :
Dans ces cas, gardez une trace datée de chaque incident (courriels, plannings, messages). Vous pouvez :
Les règles dépendent du moment de la rupture (art. L6222-18 et fiche F2918).
| Situation | Qui peut rompre ? | Conditions |
|---|---|---|
| Pendant les 45 premiers jours, consécutifs ou non, de formation pratique en entreprise | L'apprenti ou l'employeur | Par écrit, sans motif |
| Après ces 45 jours, d'un commun accord | Les deux parties | Accord écrit signé des deux parties |
| Après ces 45 jours, à l'initiative de l'apprenti | L'apprenti | Saisir d'abord le médiateur, informer l'employeur au moins 5 jours calendaires après cette saisine, rupture au plus tôt 7 jours calendaires après l'information de l'employeur (art. D6222-21-1) |
| Obtention du diplôme avant la fin du contrat | L'apprenti | Informer l'employeur par écrit au moins 1 mois à l'avance |
| Après ces 45 jours, à l'initiative de l'employeur | L'employeur | Uniquement en cas de force majeure, faute grave, inaptitude constatée par le médecin du travail, exclusion définitive du CFA, ou décès de l'employeur maître d'apprentissage d'une entreprise unipersonnelle, selon la procédure de licenciement |
Deux points à retenir.
L'insuffisance professionnelle n'est pas un motif de rupture prévu par l'article L6222-18. Si votre employeur l'invoque après les 45 premiers jours, ne signez rien sous la pression et faites-vous conseiller (représentants du personnel, syndicat de salariés, services du ministère du Travail en région, avocat).
La rupture d'un commun accord reste la voie la plus apaisée. Service-public.gouv.fr propose un modèle de rupture d'un commun accord. Si l'apprenti est mineur, l'acte de rupture est aussi signé par son représentant légal. Les démarches détaillées figurent dans notre article démissionner en alternance. Lorsque l'employeur commet des manquements graves, d'autres voies existent : voir notre article sur la rupture en cas de manquements de l'employeur.

Votre année n'est pas perdue d'office. En cas de rupture, le CFA doit vous permettre de suivre votre formation théorique pendant six mois et contribuer à vous trouver un nouvel employeur. Pendant cette période, vous avez le statut de stagiaire de la formation professionnelle (art. L6222-18-2) et vous conservez vos droits sociaux (fiche F2918). L'employeur, de son côté, notifie sans délai la rupture à l'OPCO.
Contactez votre CFA dès que la rupture est envisagée, pas après. Et relancez immédiatement votre recherche, par exemple sur nos offres d'alternance. Pour peser le pour et le contre d'un changement d'entreprise en cours de cursus, lisez changer d'entreprise entre la 1re et la 2e année.
| Type de conflit | Première action | Interlocuteur | Recours si blocage |
|---|---|---|---|
| Missions sans rapport avec le diplôme | Entretien avec faits et référentiel | Maître d'apprentissage | Réunion tripartite avec le CFA, puis médiateur |
| Tensions relationnelles | Entretien à froid, récapitulatif écrit | Maître d'apprentissage, RH | Médiateur de l'apprentissage |
| Désaccord CFA / entreprise | Réunion tripartite | Référent CFA et maître d'apprentissage | Direction du CFA |
| Heures non payées, horaires illégaux | Relevé précis des horaires | Employeur | Services du ministère du Travail, inspection du travail |
| Harcèlement | Traces datées, témoins | Employeur, CFA, médecin du travail | Inspection du travail, Défenseur des droits, conseil de prud'hommes |
| Santé dégradée | Consultation médicale | Médecin traitant, médecin du travail | Arrêt de travail si prescrit : voir arrêt maladie en alternance |
Pour l'ensemble de vos droits pendant le contrat, consultez notre guide des droits de l'alternant.
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