Droits de l'alternant : congés, maladie, contrat, rupture

Beaucoup d'alternants découvrent leurs droits au moment où ils en ont besoin : une grippe, un tuteur absent, une fin de contrat mal préparée. C'est trop tard. Ce guide rassemble les règles générales qui s'appliquent à votre contrat, question par question, et indique à chaque fois ce qui change entre le contrat d'apprentissage et le contrat de professionnalisation. C'est la confusion la plus fréquente, et celle qui coûte le plus cher.

Suis-je un salarié à part entière ?

Oui. L'apprenti et le salarié en contrat de professionnalisation sont des salariés de droit commun. Ils relèvent du régime général de la Sécurité sociale et bénéficient des mêmes protections que leurs collègues : congés payés, santé au travail, protection contre le harcèlement et la discrimination.

Deuxième principe, tout aussi structurant : le temps passé en centre de formation est du temps de travail effectif, rémunéré comme tel. Il ne se négocie pas avec l'employeur et ne se déduit d'aucun autre droit. Le calendrier de l'alternance s'impose aux deux parties.

Le statut de salarié est donc commun aux deux contrats. Ce qui diffère, ce sont les règles de rupture, certaines indemnités et quelques droits propres à l'apprentissage. Les sections suivantes le signalent à chaque fois.

Ai-je droit aux congés payés ?

Oui, cinq semaines, comme tout salarié. Vous acquérez 2,5 jours ouvrables par mois de travail effectif, soit 30 jours ouvrables sur une année complète.

Attention à l'erreur la plus répandue : les vacances scolaires du CFA ne sont pas des congés. Quand le centre est fermé et que vous n'êtes pas en congé, vous êtes attendu en entreprise. C'est l'employeur qui arrête les dates, et vous ne pouvez pas poser de congés sur vos semaines de formation.

Un droit propre à l'apprentissage mérite d'être connu : l'apprenti qui prépare un examen bénéficie, à sa demande, d'un congé supplémentaire de cinq jours ouvrables rémunérés pour réviser, dans le mois qui précède les épreuves. Il faut le demander par écrit. Les moins de 21 ans disposent par ailleurs d'une règle spécifique sur les jours non encore acquis, détaillée dans notre article sur les congés payés en alternance.

Puis-je télétravailler comme mes collègues ?

Oui, dans les mêmes conditions que les autres salariés — mais rien n'est automatique. Aucun texte n'impose à l'entreprise d'accorder le télétravail, aucun ne l'interdit aux alternants. Le cadre vient de l'accord collectif, de la charte interne ou d'un accord direct avec l'employeur. Lorsqu'un accord ou une charte prévoit le dispositif pour votre poste, un refus doit être motivé.

Avant de signer, vérifiez le rythme, l'équipement, les plages de joignabilité et la réversibilité. Nos repères complets sont dans le point sur le télétravail en alternance.

La visite médicale est-elle obligatoire ?

Oui. Tout alternant doit bénéficier d'une visite d'information et de prévention, organisée et intégralement payée par l'employeur, sur le temps de travail. Le délai de droit commun est de deux mois après l'embauche.

Ce délai tombe dans trois cas : travailleurs de nuit, salariés de moins de 18 ans — ce qui concerne beaucoup d'apprentis — et postes à risques particuliers. La visite doit alors précéder la prise de poste. À l'issue, une attestation de suivi vous est remise, et le professionnel de santé peut proposer des aménagements.

Si la visite n'est pas organisée, c'est un manquement de l'employeur, jamais le vôtre. Les recours possibles figurent dans notre article sur la visite médicale de l'apprenti.

Que se passe-t-il si je suis malade ?

Un arrêt maladie suspend votre contrat, il ne le rompt pas. Un licenciement fondé sur l'état de santé est discriminatoire au sens de l'article L. 1132-1 du Code du travail.

Sur le plan pratique, l'arrêt déclenche deux circuits indépendants : l'arrêt doit être transmis dans les 48 heures à l'Assurance maladie et à l'employeur, et le CFA doit être prévenu séparément. Le volet envoyé à l'employeur ne remonte jamais au centre de formation, et une absence non justifiée auprès du CFA peut peser sur l'accès à l'examen.

Trois points financiers à connaître :

• les indemnités journalières de l'Assurance maladie sont versées après un délai de carence de trois jours, qui ne s'applique pas en cas d'accident du travail ou de trajet ;
• le maintien de salaire par l'employeur suppose, dans le régime légal, un an d'ancienneté — condition souvent non remplie en première année, mais que de nombreuses conventions collectives assouplissent ;
• un accident du travail ou de trajet, y compris sur le trajet vers le CFA, ouvre une indemnisation nettement plus favorable.

Pour un arrêt long, l'article L. 6222-11 du Code du travail permet de prolonger le contrat d'apprentissage lorsque la santé a empêché de suivre la formation, par avenant et dans la limite d'un an. Le détail des démarches, des montants et du rattrapage des cours est dans notre guide sur l'arrêt maladie en alternance.

Mon employeur doit-il vraiment me former ?

Oui, et c'est une obligation, pas une intention. L'employeur doit désigner un maître d'apprentissage remplissant des conditions de compétence (articles L. 6223-5 et suivants du Code du travail) et garantir la cohérence entre les missions confiées et la formation dispensée au CFA (article L. 6222-16). S'y ajoutent l'obligation de sécurité de l'article L. 4121-1, l'encadrement des travaux dangereux pour les jeunes travailleurs et l'interdiction du harcèlement et des discriminations.

Concrètement, un maître d'apprentissage inexistant, des missions étrangères au référentiel du diplôme, un salaire versé en retard ou des heures de formation sabrées ne sont pas des désagréments : ce sont des manquements de l'employeur à ses obligations. Leur qualification et leurs conséquences sont détaillées dans notre analyse de la rupture pour manquements graves de l'employeur.

Que faire en cas de tension avec mon tuteur ou mon CFA ?

Avant tout, ne pas se taire, et écrire. Le silence transforme un décalage d'attentes en rupture brutale. Trois réflexes fonctionnent : demander un entretien formel plutôt que formuler un reproche, provoquer une réunion tripartite quand l'entreprise et le CFA ne s'accordent pas sur vos missions, et documenter chaque incident sérieux par des traces écrites.

Les interlocuteurs prévus sont le référent pédagogique du CFA, le service RH de l'entreprise, le médiateur de l'apprentissage et, en cas de manquement grave au droit du travail, l'inspection du travail. La méthode complète, y compris les signaux qui doivent faire cesser la médiation, est décrite dans notre guide sur la gestion des conflits en alternance.

Puis-je rompre mon contrat ?

C'est ici que les deux contrats divergent le plus nettement.

En apprentissage, la rupture est libre pendant les 45 premiers jours en entreprise. Ensuite, l'article L. 6222-18 du Code du travail l'enferme dans des cas précis : accord écrit des deux parties, faute grave, force majeure, inaptitude, décès du maître d'apprentissage, liquidation judiciaire. La démission de l'apprenti suppose la saisine préalable du médiateur de l'apprentissage et le respect d'un préavis. L'avis de la Cour de cassation du 15 avril 2026 (n° 26-70.002) y ajoute une voie nouvelle : la rupture immédiate en cas de manquements graves de l'employeur, sans médiateur ni préavis, le conseil de prud'hommes contrôlant ensuite la gravité des faits et l'imputabilité de la rupture.

En contrat de professionnalisation, cet avis ne s'applique pas : c'est le droit commun du contrat de travail qui gouverne la rupture.

Une règle vaut pour les deux : ne quittez jamais un poste sans notification écrite. Un départ non formalisé peut être requalifié en abandon de poste.

Puis-je changer d'entreprise pour ma deuxième année ?

Oui, et une idée fausse coûte cher ici : changer d'employeur ne remet pas votre salaire à zéro. L'article D. 6222-30 du Code du travail prévoit qu'un nouveau contrat d'apprentissage reprend au minimum le niveau de rémunération atteint, l'année déjà exécutée étant prise en compte. Vérifiez que le nouveau contrat ne repart pas en « 1re année ».

Si votre contrat arrive à son terme naturel, aucune démarche particulière n'est requise. S'il court encore, ce sont les règles de rupture ci-dessus qui s'appliquent. Après une rupture, l'article L. 6231-2 permet au CFA de vous maintenir en formation six mois, le temps de retrouver un employeur — raison de plus pour le prévenir en premier. Les critères de décision et le rétroplanning sont dans notre guide sur changer d'entreprise en deuxième année, et les postes ouverts sont sur nos offres d'alternance.

Quels droits si je suis en situation de handicap ?

La loi du 11 février 2005 impose à l'employeur un aménagement raisonnable : poste, horaires, mais aussi formation au CFA et épreuves d'examen, avec par exemple un tiers-temps supplémentaire. Un refus d'aménagement raisonnable constitue une discrimination. Depuis la loi du 5 septembre 2018, chaque CFA doit par ailleurs désigner un référent handicap chargé d'accompagner les apprentis concernés.

Deux spécificités méritent d'être connues : l'alternance est ouverte sans limite d'âge aux titulaires d'une RQTH, alors qu'elle est plafonnée pour les autres publics, et l'employeur bénéficie d'aides majorées. Les montants, les conditions et les délais de la MDPH sont détaillés dans notre dossier sur l'alternance avec une RQTH.

Que dois-je récupérer à la fin du contrat ?

Trois documents sont obligatoires : le certificat de travail, le reçu pour solde de tout compte et l'attestation destinée à France Travail. Ils sont quérables, c'est-à-dire tenus à votre disposition dans l'entreprise : réclamez-les par écrit si on ne vous les remet pas.

Côté sommes dues, vérifiez l'indemnité compensatrice de congés payés non pris, les heures supplémentaires et les primes conventionnelles. Une distinction est ici décisive : l'indemnité de fin de contrat est due au terme d'un contrat de professionnalisation à durée déterminée, mais elle n'est pas due aux apprentis. Enfin, le reçu pour solde de tout compte peut être dénoncé dans les six mois suivant sa signature. La liste complète figure dans notre article sur les documents de fin de contrat, et vous pouvez recouper les montants avec notre simulateur de rémunération.

À qui m'adresser quand la règle générale ne suffit pas ?

Tout ce qui précède décrit le droit applicable, pas votre dossier. Une situation individuelle dépend de votre convention collective, de la date des faits et des pièces que vous détenez.

Adressez-vous d'abord à votre CFA, qui connaît la convention tripartite et dispose d'un médiateur. Puis à votre employeur ou à son service RH, par écrit. En cas de manquement au droit du travail, l'inspection du travail est compétente, et le conseil de prud'hommes tranche les litiges relatifs au contrat. Un défenseur syndical, un point justice ou une permanence juridique gratuite complètent utilement ces recours. Les questions les plus courantes sont traitées dans notre FAQ.