Arrêt maladie en alternance : salaire, indemnités, CFA et examens en 2026

En arrêt maladie, un apprenti ou un salarié en contrat de professionnalisation est indemnisé comme tout salarié : rien pendant 3 jours de carence, puis des indemnités journalières égales à 50 % de son salaire journalier de base. L'employeur ne complète qu'après un an d'ancienneté, sauf convention plus favorable. L'arrêt couvre aussi les semaines au CFA.

Qui prévenir quand on est en arrêt maladie en alternance, et dans quel délai ?

L'alternant est un salarié. Son arrêt suit donc le circuit de tout salarié, avec un destinataire en plus : son centre de formation.

Destinataire	Ce qu'il reçoit	Délai
Caisse d'assurance maladie (CPAM ou MSA)	Volets 1 et 2, sauf si le médecin a télétransmis l'arrêt	48 heures
Employeur	Volet 3	48 heures
CFA ou organisme de formation	Une copie, pour justifier l'absence en formation	Dès que possible, selon le règlement intérieur du centre

L'arrêt envoyé à l'entreprise ne remonte jamais tout seul au CFA. Sans justificatif, le centre enregistre une absence injustifiée. Un mail au référent pédagogique, avec l'arrêt en pièce jointe, règle la question et laisse une trace datée.

Le délai de 48 heures est sanctionné. D'après Service-Public.fr, un premier retard donne lieu à un avertissement. Un nouveau retard dans les deux ans peut réduire de 50 % les indemnités entre la date de prescription et la date d'envoi. Depuis le 1er janvier 2026, un arrêt reçu après la fin de la période prescrite peut être sanctionné à 100 % sur toute la période. Ces réductions ne s'appliquent pas en cas d'hospitalisation ou d'impossibilité justifiée d'envoyer l'arrêt à temps.

Quatre autres règles à connaître :

• Formulaire papier : seul le formulaire sécurisé est accepté. Les photocopies et les scans sont refusés (ameli.fr).
• Téléconsultation : un arrêt prescrit à distance ne peut pas dépasser 3 jours, sauf s'il l'est par votre médecin traitant ou en cas d'impossibilité de consulter en présentiel.
• Durée de prescription : depuis le 1er septembre 2026, un premier arrêt ne peut pas dépasser 31 jours et chaque prolongation 62 jours, sauf justification médicale inscrite sur l'arrêt.
• Sorties autorisées : vous devez rester à votre domicile de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, y compris le samedi, le dimanche et les jours fériés.

Un apprenti a-t-il droit aux indemnités journalières ?

Oui, dans les mêmes conditions que les autres salariés. Pour un arrêt de moins de 6 mois, vous devez remplir l'une de ces deux conditions à la date de l'arrêt (Service-Public.fr) :

• avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédents ;
• ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 mois précédents.

Pour un apprenti, l'Assurance maladie compte comme heures de travail les heures de travail effectif et les heures de formation théorique (ameli.fr, page apprenti). Un apprenti à temps plein atteint donc vite le seuil. Le risque concerne surtout un arrêt dans les toutes premières semaines du contrat, sans emploi salarié juste avant.

Combien touche un apprenti en arrêt maladie ?

Les 3 jours de carence

L'Assurance maladie ne verse rien pendant les 3 premiers jours de chaque arrêt. Pour un arrêt commençant le 1er du mois, les indemnités démarrent le 4. La carence ne s'applique pas à une prolongation, y compris après une reprise de 48 heures au plus. Pour une affection de longue durée, elle ne s'applique qu'au premier arrêt sur une période de 3 ans.

Le calcul des indemnités journalières

L'indemnité journalière (IJ) est égale à 50 % du salaire journalier de base. Ce salaire de base correspond aux salaires bruts des 3 derniers mois divisés par 91,25 (ameli.fr). La CSG (6,2 %) et la CRDS (0,5 %) sont ensuite prélevées. Le plafond, fixé à 1,4 SMIC pour les arrêts commencés depuis le 1er avril 2025, ne concerne en pratique pas les salaires d'apprentis, qui restent en dessous.

Comme le salaire d'un apprenti est un pourcentage du SMIC, l'indemnité est faible. Ordres de grandeur avec le SMIC de 1 867,02 € brut par mois en vigueur depuis le 1er juin 2026 :

Situation (minimum légal)	Salaire brut mensuel	IJ brute par jour	IJ brutes pour 7 jours d'arrêt (4 jours indemnisés)
Apprenti 18-20 ans, 1re année (43 %)	803 €	≈ 13,20 €	≈ 53 €
Apprenti 18-20 ans, 2e année (51 %)	952 €	≈ 15,65 €	≈ 63 €
Apprenti 21-25 ans, 1re année (53 %)	990 €	≈ 16,27 €	≈ 65 €
Apprenti 21-25 ans, 2e année (61 %)	1 139 €	≈ 18,72 €	≈ 75 €
Apprenti de 26 ans et plus (100 %)	1 867 €	≈ 30,69 €	≈ 123 €

Hypothèses : même salaire sur les 3 mois précédents, montants avant CSG et CRDS, sans complément employeur. Votre salaire exact selon votre âge et votre année de contrat se calcule avec le simulateur de rémunération.

En face, l'employeur retient sur votre bulletin les jours d'absence. L'écart entre cette retenue et les IJ est votre perte réelle. Pour repérer ces lignes, voyez notre guide pour lire sa fiche de paie en alternance.

L'employeur doit-il maintenir le salaire de l'alternant ?

Oui, mais seulement sous conditions. L'article L1226-1 du Code du travail prévoit un complément employeur si vous remplissez quatre conditions :

1. au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise ;
2. un arrêt justifié dans les 48 heures ;
3. une prise en charge par la Sécurité sociale ;
4. des soins reçus en France, dans l'Union européenne ou dans l'Espace économique européen.

Le complément porte votre revenu à 90 % du salaire brut pendant 30 jours, puis aux deux tiers pendant 30 jours (art. D1226-1). Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté supplémentaire. En cas de maladie, il n'est dû qu'à partir du 8e jour d'absence (art. D1226-3).

Conséquence directe : un apprenti en première année n'a, en général, droit à aucun complément légal.

Situation	Jours 1 à 3	Jours 4 à 7	À partir du 8e jour
Moins d'un an d'ancienneté, sans clause conventionnelle	Rien	IJ (50 %)	IJ (50 %)
Un an d'ancienneté ou plus, régime légal	Rien	IJ (50 %)	IJ + complément jusqu'à 90 % du brut
Convention ou accord plus favorable	Selon le texte	Selon le texte	Selon le texte

Vérifiez votre convention collective

Beaucoup de conventions collectives sont plus favorables que la loi : ancienneté réduite, carence supprimée ou taux plus élevé. Le nom de votre convention et son numéro IDCC figurent sur votre bulletin de paie. Le Code du travail numérique propose un outil qui affiche la règle de maintien de salaire selon votre convention. Demandez aussi au service RH si un contrat de prévoyance d'entreprise complète les IJ.

Demandez si l'employeur pratique la subrogation

Quand l'employeur maintient le salaire, il peut percevoir directement les IJ à votre place : c'est la subrogation. Vous recevez alors un bulletin presque normal. Sans subrogation, la caisse vous verse les IJ elle-même, avec un décalage. Posez la question au service paie dès la signature du contrat.

Accident du travail ou de trajet : qu'est-ce qui change ?

Tout. L'apprenti est couvert dès le premier jour de son contrat, que l'accident survienne dans l'entreprise, au CFA ou sur les trajets entre son domicile et ses différents lieux d'apprentissage (ameli.fr). Une chute en allant en cours n'est donc pas un arrêt maladie ordinaire.

	Maladie	Accident du travail ou de trajet
Carence de la Sécurité sociale	3 jours	Aucune : le jour de l'accident est payé par l'employeur
Base de calcul	3 derniers salaires bruts ÷ 91,25	Salaire brut du mois précédent ÷ 30,42
Montant des IJ	50 %	60 % jusqu'au 28e jour, 80 % à partir du 29e
Frais médicaux	Remboursement habituel	Pris en charge à 100 % dans la limite des tarifs de la Sécurité sociale
Complément employeur (1 an d'ancienneté)	À partir du 8e jour	Dès le 1er jour pour un accident du travail, à partir du 8e jour pour un accident de trajet

Sources : ameli.fr et art. D1226-3. Pour un apprenti de 21 ans en 2e année payé 1 139 € brut, l'IJ passe ainsi d'environ 18,72 € en maladie à environ 22,47 € en accident du travail, sans carence.

Les démarches (Service-Public.fr) :

1. Prévenez l'employeur dans les 24 heures, même si l'accident a lieu au CFA et paraît bénin.
2. Faites constater les lésions par un médecin, en précisant qu'il s'agit d'un accident du travail ou de trajet.
3. L'employeur déclare l'accident à la caisse dans les 48 heures et vous remet une feuille d'accident, qui vous évite d'avancer les frais.
4. S'il ne le fait pas, vous pouvez déclarer vous-même l'accident à votre caisse, dans un délai de 2 ans.

Gardez le nom des témoins et une trace écrite de votre signalement.

Que deviennent les cours au CFA pendant l'arrêt ?

Le temps de formation en CFA est compris dans l'horaire de travail de l'apprenti (art. L6222-24). L'arrêt de travail couvre donc aussi vos semaines de cours. Vous n'êtes pas attendu au centre, et vous n'avez pas à « rattraper » ces heures en entreprise.

L'arrêt ne fait pas disparaître le programme pour autant. La formation en CFA représente au moins 25 % de la durée du contrat (art. L6211-2), et les compétences du référentiel restent exigées à l'examen. À votre retour, demandez par écrit à votre référent pédagogique :

• la liste des séances et des évaluations manquées ;
• les supports de cours ;
• les modalités et les dates de rattrapage, en particulier pour les contrôles en cours de formation (CCF) ;
• la confirmation que l'absence est enregistrée comme justifiée.

Prévenez aussi votre maître d'apprentissage : un rendu ou une mission peut devoir être décalé.

Malade le jour d'un examen : que faire ?

Ce n'est plus le droit du travail qui s'applique, mais le règlement de l'examen. Écrivez immédiatement au service des examens du rectorat ou à l'organisme certificateur, avec un certificat médical, en mettant le CFA en copie. Respectez le délai indiqué sur votre convocation. Le CFA n'est pas le certificateur : le prévenir ne suffit pas.

Les règles diffèrent selon le diplôme :

• BTS : une absence à une épreuve obligatoire empêche la délivrance du diplôme. Si l'absence est due à une force majeure dûment constatée, elle est sanctionnée par la note zéro (Code de l'éducation, art. D643-24). Interrogez sans attendre le service des examens sur les possibilités de remplacement.
• Bac professionnel : le candidat empêché par une force majeure dûment constatée peut être autorisé par le recteur à passer les épreuves de remplacement (art. D337-92).
• Titres professionnels et certifications RNCP : les règles sont fixées par le certificateur. Demandez le règlement d'examen à votre CFA.

Pour un arrêt long en cours de BTS, le recteur peut accorder une dérogation aux conditions de durée de formation en cas de maladie ou d'accident (art. D643-16).

Un arrêt maladie peut-il coûter le contrat ?

Non. L'arrêt suspend le contrat, il ne le rompt pas. Licencier un salarié en raison de son état de santé est une discrimination interdite (art. L1132-1).

Deux précisions propres à l'apprentissage (art. L6222-18) :

• La période de rupture libre court jusqu'à 45 jours, consécutifs ou non, de formation pratique en entreprise effectuée par l'apprenti. Les jours d'arrêt ne sont pas des jours effectués : un arrêt repousse donc la fin de cette période. Le détail est dans notre article sur la période d'essai en alternance.
• Passé ce délai, l'employeur ne peut rompre le contrat que dans des cas limités : faute grave, force majeure, inaptitude constatée par le médecin du travail, décès de l'employeur maître d'apprentissage dans une entreprise unipersonnelle, ou exclusion définitive du CFA (art. L6222-18-1).

En cas de pression ou de désaccord, un médiateur désigné par les chambres consulaires peut être saisi (art. L6222-39). La démarche est décrite dans notre article sur le médiateur de l'apprentissage et les prud'hommes.

Peut-on prolonger le contrat d'apprentissage après un long arrêt ?

Oui, dans deux cas :

• Contrat suspendu pour une raison indépendante de votre volonté, comme une maladie : une convention tripartite entre vous, l'employeur et le CFA peut allonger le contrat jusqu'à la fin du cycle de formation suivant (art. R6222-10).
• Échec à l'examen : l'apprentissage peut être prolongé d'un an au plus, par prorogation du contrat ou par un nouveau contrat avec un autre employeur (art. L6222-11).

Aucune de ces prolongations n'est automatique. Parlez-en au CFA dès que l'arrêt menace votre calendrier de formation.

Faut-il passer une visite médicale à la reprise ?

Une visite de reprise auprès du médecin du travail est obligatoire après une absence d'au moins 60 jours pour maladie ou accident non professionnel, d'au moins 30 jours pour accident du travail, et après toute absence pour maladie professionnelle. Elle a lieu le jour de la reprise ou au plus tard dans les 8 jours (art. R4624-31).

Si votre arrêt dure plus de 30 jours, vous pouvez aussi demander une visite de préreprise pendant l'arrêt (art. R4624-29). Et à tout moment, vous pouvez demander à voir le médecin du travail, sans que cela puisse vous être reproché (art. R4624-34). Notre article sur la visite médicale en alternance détaille le suivi de santé de l'apprenti.

L'arrêt maladie fait-il perdre des congés payés ?

Non. Pendant un arrêt pour maladie non professionnelle, vous continuez d'acquérir des congés, à raison de 2 jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours par période. En cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, l'acquisition reste de 2,5 jours par mois (Service-Public.fr).

Si vous tombez malade pendant vos congés, vous pouvez reporter les jours qui coïncident avec l'arrêt, à condition de le transmettre à l'employeur. La Cour de cassation l'a confirmé le 10 septembre 2025 (Service-Public.fr). Le reste est dans notre guide des congés payés en alternance.

La checklist de l'arrêt maladie en alternance

1. Jour 1 : consultez un médecin. Prévenez votre maître d'apprentissage par téléphone, puis par mail.
2. Sous 48 heures : volet 3 à l'employeur, volets 1 et 2 à la caisse si l'arrêt n'est pas télétransmis. Vérifiez l'enregistrement sur votre compte ameli.
3. Le même jour : copie de l'arrêt au CFA, avec accusé de réception.
4. Accident : employeur prévenu sous 24 heures, témoins notés, feuille d'accident demandée.
5. Pendant l'arrêt : respectez les heures de présence. Demandez au service paie s'il pratique la subrogation et ce que prévoit votre convention collective.
6. Examen concerné : écrivez au service des examens avec le certificat médical, dans le délai de la convocation.
7. Au retour : demandez par écrit le plan de rattrapage au CFA et contrôlez votre bulletin de paie.
8. Arrêt long : visite de reprise si elle est obligatoire, et discussion avec le CFA sur une éventuelle prolongation.

Pour l'ensemble de vos droits de salarié, consultez notre guide des droits de l'alternant. La complémentaire santé, qui rembourse les soins mais pas la perte de salaire, est traitée dans notre article sur la mutuelle d'entreprise de l'alternant.

Sources

Toutes les sources ont été consultées le 5 octobre 2026.

• Service-Public.fr — Arrêt maladie : démarches à effectuer par le salarié
• Service-Public.fr — Arrêt maladie : indemnités journalières versées au salarié
• Service-Public.fr — Accident du travail : démarches à effectuer
• Service-Public.fr — Acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie
• Service-Public.fr — Report des congés payés pour cause de maladie
• ameli.fr — Arrêt maladie : les démarches du salarié
• ameli.fr — Indemnités journalières en cas d'arrêt maladie du salarié
• ameli.fr — Accident du travail : prise en charge et indemnités journalières
• ameli.fr — Apprenti : les modalités de votre prise en charge
• Code du travail numérique — Maintien de salaire en cas d'arrêt maladie selon la convention collective
• Code du travail — articles L1226-1, D1226-1, D1226-2, D1226-3, L1132-1, L6211-2, L6222-11, R6222-10, L6222-18, L6222-18-1, L6222-24, L6222-39, R4624-29, R4624-31, R4624-34
• Légifrance — Code de l'éducation, articles D643-1 à D643-35-1 (BTS) et article D337-92 (bac professionnel)