Arrêt maladie, accident du travail, congés : ce que vous perdez (ou pas) quand vous êtes alternant en 2026

Vous vous réveillez avec 39 de fièvre un lundi matin. Sauf que ce lundi-là, vous n'êtes pas en entreprise : vous êtes censé être au CFA, et vous avez un contrôle continu en fin de semaine. Qui prévenir ? Faut-il un arrêt de travail alors que vous n'allez pas travailler ? Et votre salaire, il devient quoi ?

Ces questions reviennent en boucle, parce que le statut d'alternant est hybride : salarié pour le Code du travail et la Sécurité sociale, étudiant pour l'organisme de formation. Concrètement, un apprenti ou un salarié en contrat de professionnalisation qui tombe malade relève du régime général, exactement comme un salarié ordinaire — mais avec des spécificités de rémunération et une double obligation d'information qui piègent beaucoup de monde. Faisons le tour, à jour de la rentrée 2026.

Le principe : le temps en CFA est du temps de travail

C'est la règle qui commande tout le reste, et elle est trop peu connue. L'article L. 6222-24 du Code du travail dispose que « le temps consacré par l'apprenti à la formation dispensée dans les centres de formation d'apprentis est compris dans l'horaire de travail ». Autrement dit : quand vous êtes en cours, vous êtes réputé travailler. Vous êtes payé, vous cotisez, et vous êtes couvert.

Les conséquences pratiques sont considérables :

• Une absence au CFA est une absence au travail. Elle doit être justifiée auprès de l'employeur, pas seulement de l'école.
• Un accident survenu pendant un TP au CFA est un accident du travail.
• Un arrêt maladie couvrant une semaine de cours produit exactement les mêmes effets qu'un arrêt couvrant une semaine en entreprise.
• Vous ne pouvez pas « rattraper » en entreprise des heures de CFA manquées, ni l'inverse.

Pour le contrat de professionnalisation, la logique est identique : les actions de formation sont réalisées pendant le temps de travail (article L. 6325-1 et suivants), avec maintien de la rémunération.

À retenir : il n'existe pas de « jour d'école » qui échapperait au contrat de travail. Toute absence, où qu'elle survienne, se traite comme une absence salariée.

Arrêt maladie : les 48 heures qui comptent

Le circuit est celui de tout salarié, avec une contrainte supplémentaire : la triple destination du justificatif.

Les démarches, dans l'ordre

1. Consulter un médecin. Un arrêt rétroactif est mal vu et souvent refusé par la caisse : faites-le établir le jour même ou le lendemain.
2. Envoyer les volets 1 et 2 à votre caisse d'assurance maladie dans les 48 heures (ou laisser le médecin le télétransmettre, ce qui est devenu la norme).
3. Transmettre le volet 3 à votre employeur dans le même délai de 48 heures.
4. Prévenir votre CFA ou votre école et lui adresser une copie du volet 3. Ce n'est pas une politesse : votre absence en formation doit être justifiée pour ne pas être comptabilisée comme injustifiée dans votre assiduité, laquelle conditionne parfois le maintien de votre financement.

Un envoi tardif à la caisse expose à une réduction des indemnités journalières (l'Assurance Maladie applique une sanction pouvant aller jusqu'à 50 % du montant des IJ pour la période concernée en cas de retard répété). Les conditions et délais exacts sont détaillés sur ameli.fr, rubrique « Arrêt de travail pour maladie ».

Ce que vous touchez pendant l'arrêt

Trois briques se superposent, et c'est leur combinaison qui détermine votre reste-à-vivre.

Brique	Qui verse	Point de départ	Montant indicatif
Délai de carence	Personne	3 premiers jours	0 €
Indemnités journalières	CPAM / MSA	À partir du 4ᵉ jour	≈ 50 % du salaire journalier de base
Complément employeur (loi de mensualisation)	Employeur	Selon ancienneté et convention	Jusqu'à 90 % du brut les premiers jours

Trois précisions qui changent tout :

• Le délai de carence de trois jours n'est pas supprimé pour les apprentis. Il peut en revanche être neutralisé par un accord d'entreprise ou une convention collective plus favorable — beaucoup le font. Vérifiez votre convention collective, l'information figure sur votre bulletin de paie.
• Le complément légal de l'employeur (article L. 1226-1 du Code du travail) suppose en principe un an d'ancienneté. Un apprenti de première année en est donc souvent exclu, sauf disposition conventionnelle plus généreuse. C'est le vrai trou dans la raquette.
• Le calcul des IJ sur un petit salaire donne un montant faible en valeur absolue. Sur une rémunération d'apprenti de 900 € brut, l'indemnité tourne autour de 15 € par jour. D'où l'intérêt de savoir si votre employeur pratique la subrogation : dans ce cas, il continue de vous verser votre salaire et se fait rembourser directement par la caisse. Vous ne subissez aucune avance de trésorerie. Posez la question aux RH avant d'en avoir besoin.

Un détail administratif qui fait perdre des semaines : les IJ ne peuvent pas être versées si votre compte ameli n'est pas à jour (RIB, attestation de salaire envoyée par l'employeur). Beaucoup d'alternants découvrent le problème au moment où ils attendent l'argent. Créez votre compte dès la signature du contrat, avec un lecteur de carte Vitale si vous préférez gérer vos remboursements hors ligne, et vérifiez que votre carte est à jour.

Accident du travail et accident de trajet : un régime bien plus protecteur

Ne confondez jamais un arrêt maladie ordinaire avec un accident du travail. Les différences sont massives, et à votre avantage.

En accident du travail ou de trajet :

• Aucun délai de carence. Vous êtes indemnisé dès le premier jour d'arrêt.
• Indemnités journalières majorées : environ 60 % du salaire journalier de base les 28 premiers jours, puis environ 80 % ensuite.
• Prise en charge à 100 % des frais médicaux liés à l'accident, sans avance de frais grâce à la feuille d'accident du travail remise par l'employeur.
• Protection contre la rupture du contrat pendant la suspension, hors cas limitativement prévus.

Ce qui est couvert est plus large qu'on ne le croit :

• un accident dans l'atelier de l'entreprise ;
• un accident dans les locaux du CFA, y compris en salle de TP ou pendant un cours d'EPS intégré à la formation ;
• un accident sur le trajet domicile ↔ entreprise, domicile ↔ CFA, et entreprise ↔ CFA ;
• un accident pendant une mission ou un déplacement professionnel.

La déclaration doit être faite par l'employeur à la caisse dans les 48 heures (hors dimanches et jours fériés) après qu'il en a eu connaissance. Vous, vous devez l'informer dans les 24 heures, sauf force majeure. Si l'accident survient au CFA, c'est le CFA qui informe l'employeur sans délai — mais dans les faits, c'est vous qui devez faire circuler l'information. Envoyez un mail écrit aux deux, le jour même : la trace écrite est votre meilleure protection en cas de contestation ultérieure.

L'INRS publie des fiches très utiles sur les risques spécifiques des jeunes travailleurs, statistiquement plus exposés aux accidents que leurs collègues expérimentés — notamment dans le bâtiment, la restauration et l'industrie. Si votre poste l'exige, exigez vos équipements : l'employeur doit les fournir gratuitement, et vous n'avez jamais à financer vos propres chaussures de sécurité normées ni vos gants de protection. Si l'entreprise traîne, mettez-le par écrit et alertez votre maître d'apprentissage.

Vos congés payés : cinq semaines, comme tout le monde

C'est probablement le point le plus mal compris de l'alternance. Vous n'avez pas « les vacances scolaires ». Vous avez 2,5 jours ouvrables de congés payés par mois de travail effectif, soit 30 jours ouvrables (cinq semaines) pour une année complète, exactement comme n'importe quel salarié.

Les règles concrètes :

• Les congés se prennent sur les périodes en entreprise, en accord avec l'employeur. Vous ne pouvez pas poser de congés sur une semaine de CFA : ce serait s'absenter d'une formation obligatoire.
• Les vacances scolaires du CFA ne sont pas des congés. Pendant ces semaines-là, sauf congé posé, vous êtes attendu en entreprise.
• Le calendrier de pose se négocie souvent en début d'année. Anticipez : dans beaucoup de PME, tout le monde pose en août, et l'apprenti se retrouve seul.
• Les jeunes de moins de 21 ans au 30 avril de l'année en cours peuvent demander un congé total de 30 jours ouvrables, même sans avoir acquis tous leurs droits — les jours supplémentaires n'étant alors pas rémunérés (article L. 3141-8 du Code du travail).

Un droit spécifique existe en plus : le congé pour révision d'examen. L'article L. 6222-35 accorde à l'apprenti cinq jours ouvrables de congé supplémentaire pour préparer les épreuves du diplôme, à prendre dans le mois qui précède les examens. Ces cinq jours sont rémunérés et s'ajoutent aux congés payés. Ils ne se demandent pas au CFA mais à l'employeur, avec une simple lettre ou un mail mentionnant l'article. Beaucoup d'apprentis ne les prennent jamais faute de le savoir.

Ces cinq jours sont un droit, pas une faveur. L'employeur ne peut pas les refuser à un apprenti inscrit aux épreuves.

Pour que ces cinq jours servent réellement, préparez-les : un planning de révision imprimé, des fiches synthétiques, et pour beaucoup, un casque à réduction de bruit qui rend une révision en colocation ou en open space beaucoup plus supportable. Le confort de travail à domicile n'est pas un luxe quand on cumule 35 heures et un mémoire.

Les autres absences : ce qui est autorisé, ce qui ne l'est pas

Toutes les absences ne se valent pas. Voici les principales situations rencontrées par les alternants.

Situation	Justificatif	Rémunéré ?
Maladie avec arrêt	Volets 1-2-3	IJ après carence (+ complément éventuel)
Accident du travail / trajet	Déclaration employeur + certificat	Oui, dès J1, majoré
Congé examen (apprenti)	Convocation	Oui, 5 jours ouvrables
Décès d'un proche	Acte de décès	Oui, durée légale ou conventionnelle
Naissance / mariage / PACS	Justificatif d'état civil	Oui, congés pour événements familiaux
Convocation JDC	Convocation	Oui, 1 jour
Visite médicale d'embauche	Convocation SPST	Oui, temps de travail
Grève des transports	Aucun	Non, sauf tolérance de l'employeur
Absence CFA non justifiée	—	Non, et retenue sur salaire

Cette dernière ligne mérite qu'on s'y arrête. Une absence injustifiée en formation entraîne une retenue sur salaire légitime, puisque le temps de CFA est du temps de travail rémunéré. Elle peut aussi, en cas de répétition, fonder une procédure disciplinaire, voire une rupture du contrat pour faute. Les CFA transmettent désormais des relevés d'assiduité réguliers aux entreprises — le temps où l'on pouvait « sécher » sans que l'employeur le sache est révolu.

Les erreurs qui coûtent cher

Prévenir seulement le CFA. C'est l'erreur la plus fréquente. Le CFA vous excusera peut-être ; l'employeur, lui, enregistrera une absence injustifiée et retiendra le salaire correspondant.

Oublier l'attestation de salaire. Sans elle, la caisse ne peut pas calculer vos IJ. C'est à l'employeur de la transmettre (via la DSN), mais c'est vous qui attendez l'argent. Relancez au bout d'une semaine.

Croire que la mutuelle est optionnelle. L'employeur doit vous proposer sa complémentaire santé collective, et la participation patronale est d'au moins 50 %. Un apprenti peut demander une dispense dans certains cas (couverture par la mutuelle des parents, contrat de moins de douze mois), mais la dispense doit être écrite. Sur un petit salaire, la mutuelle d'entreprise reste souvent la meilleure affaire du marché.

Ne pas déclarer un accident bénin. Une coupure qui s'infecte trois jours plus tard devient impossible à faire reconnaître si rien n'a été déclaré sur le moment. Le registre des accidents bénins existe précisément pour ça : demandez à y être inscrit.

Reprendre trop tôt sans visite de reprise. Après un arrêt d'au moins 30 jours pour accident du travail ou maladie, ou 60 jours pour maladie non professionnelle, une visite de reprise auprès du service de prévention et de santé au travail est obligatoire. Elle protège l'apprenti autant que l'employeur.

Et si l'arrêt tombe pendant les examens ?

C'est le scénario cauchemar, et il se gère. Deux règles à connaître.

Premièrement, un certificat médical couvrant le jour de l'épreuve permet, dans la plupart des règlements d'examen (BTS, BUT, titres RNCP), de bénéficier d'une session de remplacement ou d'une seconde chance. Envoyez le certificat au rectorat ou à l'organisme certificateur immédiatement, en respectant scrupuleusement le délai indiqué dans le règlement — souvent 48 à 72 heures. Passé ce délai, l'absence devient éliminatoire.

Deuxièmement, un arrêt maladie long peut justifier une prolongation du contrat d'apprentissage. L'article L. 6222-11 prévoit que la durée du contrat peut être prolongée d'un an, notamment en cas d'échec à l'examen, mais aussi lorsque des circonstances — dont la maladie — ont empêché de suivre la formation. Cela se négocie à trois : vous, l'employeur, le CFA, avec un avenant au contrat déposé auprès de l'OPCO.

Dans les deux cas, le réflexe est le même : écrire, vite, et à tout le monde. Un mail daté vaut mille explications orales trois semaines plus tard.

Le mémo à garder

• Le temps de CFA est du temps de travail : toute absence se justifie auprès de l'employeur ET du CFA, sous 48 heures.
• Maladie ordinaire : carence de 3 jours, IJ à ≈ 50 %, complément employeur souvent conditionné à un an d'ancienneté.
• Accident du travail ou de trajet : pas de carence, IJ majorées, soins à 100 % — y compris pour un accident survenu au CFA ou sur le trajet.
• Cinq semaines de congés payés, à poser sur les périodes en entreprise, jamais sur les semaines de cours.
• Cinq jours ouvrables rémunérés de congé pour révision d'examen pour les apprentis, dans le mois précédant les épreuves.
• Vérifiez la subrogation et la convention collective avant d'en avoir besoin : ce sont elles qui déterminent votre trésorerie réelle.

Les textes de référence sont consultables sur Légifrance (articles L. 6222-11 à L. 6222-35 et L. 3141-1 et suivants du Code du travail), les modalités d'indemnisation sur ameli.fr, et les fiches de prévention sur le site de l'INRS. En cas de litige avec l'employeur, le médiateur de l'apprentissage de la chambre consulaire compétente (CCI, CMA, Chambre d'agriculture) intervient gratuitement, avant toute saisine du conseil de prud'hommes.

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