Alternance - Ingénieur Laboratoire en Biologie Moléculaire H/F

L'alternant aura pour mission l' évaluation de l'intégrité des acides nucléiques viraux comme indicateur d'infectivité. La surveillance environnementale des virus entériques et respiratoires (norovirus, SARS-CoV-2, adénovirus) repose actuellement sur la RT-qPCR ou RT-dPCR, sans distinguer particules infectieuses intactes et fragments inactifs, ce qui surestime le risque sanitaire. Les méthodes actuelles compliquent l'interprétation des signaux dans les eaux usées, surfaces ou filières de traitement. L'évaluation de l'intégrité des capsides virales a amélioré les analyses, mais reste limitée. Une approche innovante introduit la RT-dPCR multiplexée pour quantifier la fragmentation des génomes viraux. Elle mesure la distance entre amplicons, définissant un indice FS50 (taille de fragment où 50% des génomes restent intacts). Objectifs de la mission Transposer la (RT)-dPCR à norovirus GI/GII et/ou adénovirus ; Corréler l'index avec des données d'infectivité (cultures, désinfection) ; Intégrer l'index dans les QMRA pour une gestion réaliste des risques en eaux potables, baignade ou rejets STEU. Perspectives Définir des seuils d'intégrité pour alerter sur des mesures de gestion sanitaire