apprenti-e en bioinformatique au sein d'un laboratoire du CNRS H/F

Le Centre Interdisciplinaire de Recherches en Biologie (CIRB) est un institut de recherche créé en 2011 dans le but de rassembler et d’encourager le dialogue entre une grande variété de disciplines, toutes intéressées par une vision intégrée du monde vivant. L’UMR ne se concentre donc pas sur une seule question scientifique principale et les recherches menées par les 20 équipes qui la composent sont extrêmement riches. Trois grandes thématiques se distinguent qui constituent les trois départements de l’unité : les neurosciences, la biologie cellulaire et les sciences de l’écologie et de l’évolution. L’originalité des travaux qui s’y déroulent sont d’être interdisciplinaires et de mêler des approches au carrefour entre la biologie et plusieurs autres disciplines, notamment mathématiques, physique, anthropologie, archéologie, ou encore médecine. 

L’apprentie sera rattaché-e au département Écologie & évolution et plus précisément à l’équipe Écologie et évolution de la santé. Le contexte général du travail réalisé sera celui de la santé des femmes avec un focus sur le microbiome vaginal et les données de séquençage génomique.

L’apprentie aura pour objectifs principaux d’apprendre à :
• Traiter et analyser des données omiques (métabarcoding, métagénomique, transcriptomique),
• Explorer les analyses multi-omiques afin de réaliser de l’intégration de données,
• Réaliser des pipelines et containers afin de permettre une réutilisation des approches dans une démarche F.A.I.R.,
• Restituer les résultats d’analyse en adaptant le discours aux différents publics,
• Utiliser un cluster de calcul pour le traitement des jeux de données massifs,
• Réaliser une veille bibliographique des outils et techniques omiques,
• Participer à la vie de l’équipe et du département, notamment par le biais de réunions d’équipe et de séminaires de recherche.

Pour réaliser ces missions, l’apprentie sera encadrée par l’ingénieure responsable du suivi des projets de bioinformatique du département. Elle interagira aussi avec les membres des équipes sur des projets ponctuels, en lien avec les objectifs de son stage.