Apprenti en Biotechnologies H/F

Depuis le renouvellement de l’UAR/US support du GIP CYCERON en 2022, 4 plateformes IBISA sont rattachées à l’unité : ESR3P, InnovaSEQ, Primacen@Caen et Cyceron imaging. Ces plateformes, en lien étroit avec l’institut BB@C labélisé France 2030 programme Excellences, forment un écosystème scientifique unique offrant des approches complémentaires pour la recherche préclinique et
l’innovation.
InnovaSEQ – Cell sorting and NGS @ Caen Normandie est une plateforme technologique dédiée à la recherche biomédicale, dont l’objectif est d’accompagner les chercheurs et les cliniciens dans la caractérisation de nouveaux biomarqueurs grâce à des outils innovants pour le diagnostic, le
pronostic, le suivi des patients et l’évaluation de la réponse aux traitements. La plateforme s’appuie sur des technologies de pointe permettant l’analyse intégrée des gènes, des cellules et des protéines à partir d’échantillons biologiques. Elle met en œuvre des approches complémentaires de type multi-omique afin de fournir une vision globale et systémique des processus biologiques impliqués dans les pathologies. Certifiée ISO 9001 : 2015 (à l’exception du chapitre 8.3) pour ses activités de prestation de séquençage haut débit et biologie spatiale sur les échantillons humains, InnovaSEQ
travaille en synergie avec le CRB InnovaBIO afin d’offrir à la communauté scientifique et médicale un continuum unique permettant de valoriser les bio-collections. InnovaSEQ propose son expertise en Transcriptomique, Génomique, Analyses de cellules individuelles et Imagerie Multiplexe en s’appuyant sur des équipements de pointe. L’étude de l’expression des gènes sans a priori (RNAseq et single-cell RNAseq) permet une analyse exploratoire et l’identification des gènes candidats comme biomarqueurs diagnostiques et pronostiques. La biologie spatiale (Imagerie Multiplexe) vient en complément de cette approche en permettant d’explorer la distribution spatiale des gènes et protéines dans les tissus avec une résolution subcellulaire et d’analyser l’organisation des cellules dans leur environnement tissulaire. Cette technique permet ainsi une compréhension approfondie des interactions cellulaires et une cartographie fine des processus pathologiques.
Fin 2025 l’offre de service s’est encore enrichie avec une méthode de protéomique ciblée (Olink Reveal) permettant de quantifier simultanément plus de 1000 biomarqueurs, impliqués dans de nombreuses voies métaboliques et associées aux pathologies humaines, avec une très haute sensibilité, à partir de volumes d’échantillons biologiques (sérum, plasma) extrêmement faibles.
L’implémentation de cette technologie permet de compléter les profils obtenus par RNA‑seq et biologie spatiale par une quantification précise des protéines circulantes, reliant ainsi l’expression génique aux fonctions biologiques réelles chez le patient.
Cette approche sera encore renforcée en 2027 avec l’élargissement de la gamme Olink proposée afin de faciliter la validation fonctionnelle des biomarqueurs identifiés et leur transposabilité clinique.
L’ensemble de ces technologies permet de réaliser des analyses multi-omiques avec des analyses intégrées visant à identifier de nouveaux biomarqueurs et améliorer les stratégies thérapeutiques en médecine de précision.
Par ailleurs, il est également prévu d’implémenter la transcriptomique spatiale afin d’ajouter une dimension essentielle en localisant l’expression génique au sein de l’architecture tissulaire, révélant l’hétérogénéité cellulaire, les niches pathologiques et les interactions micro-environnementales.
Couplée à l’imagerie multiplexe, cette approche fournira une cartographie sub-cellulaire des protéines et une compréhension fine des mécanismes biologiques in situ.
C’est dans ce contexte que nous souhaitons recruter un(e) apprenti(e) en Biotechnologies pour 2 ans pour participer à la mise en œuvre de ces technologies dans un contexte ISO 9001.
Les missions qui vous seront confiées visent à : 1/réaliser les expériences de single-cell RNAseq et de biologie spatiale, 2/opimiser les protocoles de séquençage de miRNA et de dosage de biomarqueurs à partir de différents fluides, 3/ participer au déploiement de la Transcriptomique
spatiale
➢ Réalisation des expériences de single-cell RNAseq
• Préparation des librairies (indexation et amplification des fragments d’ADNc)
• Contrôles Qualité (Tapestation, Qubit)
• Séquençage (NextSeq2000, Illumina)
➢ Réalisation des expériences de biologie spatiale (MACSima, Miltenyi Biotech)
• Déparaffinage et réhydratation des coupes si nécessaire 
Optimisation des paramètres d’hybridation des anticorps fluorescents
• Acquisition des images de microscopie à haute résolution
• Contrôles qualité
➢ Validation des protocoles de séquençage de miRNA
• Préparation des librairies
• Contrôles Qualité (Tapestation, Qubit)
• Séquençage (NextSeq2000, Illumina)
➢ Optimisation des protocoles Olink
• Mise au point des conditions optimales pour le dosage de biomarqueurs à partir de bio-fluides biologiques (plasma, salive, homogénat de tissu, lait maternel)
• Optimisation et standardisation des protocoles de dosage en QPCR
➢ Implémentation de la Transcriptomique spatiale
• Participer à la validation et l’optimisation des protocoles expérimentaux
• Contrôles Qualité
➢ Démarche Qualité
• Participer à la démarche Qualité dans le cadre de la certification ISO 9001
• Participer au suivi métrologique des équipements et à la maintenance de 1er niveau
• Participer au suivi et à la gestion des stocks